It is now a central concept of molecular biology devoted bioinformatics. As a consequence, an increasing proportion of the bioinformatics pie is now devoted to the development of tools to navigate between sequences and 3-D structures. (This sqecialized area is called structural bioinformatics.)
Please use the following sequence to explain this concept.
ขั้นตอนการทำ
1. เข้าไปที่เว็บไซต์ http://www.expasy.org/tools/dna.html..
2. หลังจากนั้นใส่ unknown sequence แล้วกดคลิ๊ก TRANSLATE SEQUENCE
3. จะได้ผลการ translated จาก Sequence DNA>>Amino acid ได้ทั้งหมด 6 openreading frames (ORF) ให้เลือก ORF ที่ translated ไปเป็นสายโพลีเปปไทด์ที่ยาวที่สุด ในที่นี้คือ 5' 3' Frame 1
4. เข้าไปที่หน้าเว๊ปไซด์ในข้อ 1 อีกครั้ง แล้วใส่ unknown DNA sequence ไปที่ Output format และเลือก Compact >> คลิ๊ก TRANSLATE SEQUENCE
5. จะได้ผลการ translated และทำการบันทึก 5' 3' Frame 1 sequence ในรูป Fasta format
6. เข้าไปที่เว๊ปไซต์ http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi และคลิ๊กเลือก protein BLAST
7. เมื่อคลิ๊กเลือก protein BLAST จะขึ้นหน้าจอดังรูป
8. นำ sequence ที่ทำการบันทึกไว้มาใส่ลงใน Enter Query Sequence ดังรูป >> แล้วคลิ๊ก BLAST
9. จะได้ผลจากการ BLAST ดังรูป
10. เลือกที่มีผล score สูงสุด คือ NP_009225.1 >> breast cancer 1, isoform 1 [Homo sapiens]
11. คลิ๊กเลือก NP_009225.1 จะได้ผลดังรูป
12. จากนั้นเลือก link out ดังรูป
13. และคลิ๊กเลือก MODBASE
14. จะได้ผลข้อมูลและ 3-D Structure จาก unknown sequence ดังรูป
15. จากข้อ 14 คลิ๊กเลือก 1jm 7A เพื่อดูข้อมูลต่างๆ ของโปรตีน ดังรูป
ไม่มีความคิดเห็น:
แสดงความคิดเห็น