supamas: พฤศจิกายน 2009

find out
1.What is the name of haploview format to use in this analysis?
2.Please show us the marker and individual quality control of the genotype data use in the analysis?
3.Please show us the LD map then explain what do you get from the LD map?
4.How many haplotype blocks in this region of Chromosome X, then explain how to interpret them?
5.Could you find out the tagging SNP in each haplotype block, then explain what the tagging SNPs?

สิ่งที่จำเป็นต้องมี
I. program Haploview 4.1 ซึ่งสามารถ download ได้จาก http://www.broadinstitute.org/haploview/haploview-downloads

II. program Java โดย download ได้จาก http://www.java.com/en/

ขั้นตอนการใช้งาน program Haploview

1. นำไฟล์ที่มีข้อมูลที่ต้องการมาใส่ลงในโปรแกรม microsoft word และทำการบันทึกให้เป็นแบบ plain text

2. เปิดโปรแกรม haploview ดังรูป

3. เลือก Hapmap Format และทำการ browse ไฟล์ที่ต้องการจากข้อ 1 และกด "OK"

4. โปรแกรม Haploview จะทำการ load ไฟล์ที่ต้องการขึ้นมาดังรูป

5. ขั้นตอนต่อไปเลือกที่ Check Markers แล้วทำการเปลี่ยนค่า HW p-value cutoff จาก 0.0010 เป็น 0.05 (ที่ค่าความเชื่อมั่นที่ 95 % ) แล้วกด Rescore Markers ค่า p-value ที่น้อยกว่า 0.05 จะขึ้นแถบสีแดง ส่วนค่า p-value ที่เราต้องการนั้นจะขึ้นสีดำ

6. จากนั้นเปิดหน้า LD Plot จะเห็นว่ามี 3 blocks ด้วยกันที่จะสามารถเลือกนำมาศึกษาได้ซึ่งบริเวณของ block ทั้ง 3 จะอยู่ภายใต้พื้นที่ที่มีสีแดง

7. จากนั้นทำการเปิดหน้า Haplotypes จะเห็นว่ามีตัวเลข 3 blocks ด้วยกันที่อยู่บนโครโมโซม X นี้

Block ที่ 1 มี 8,9

Block ที่ 2 มี 13,14,15,16,17

Block ที่ 3 มี 24,25,26,27,28,29
ซึ่งตัวเลขในหน้านี้จะตรงกับตัวเลขที่อยู่ในหน้า LD Plot

8. เลือก Display แล้วเลือก Show tags in blocks สรุปจะได้ tagging SNPs ซึ่งสามารถนำไปใช้ศึกษาได้คือ

Block ที่ 1 8,9

Block ที่ 2 13,15

Block ที่ 3 24,27

To construct the workflow from Taverna program.
1. To open Taverna program. You can see the three part of Taverna program on the first page.

2. Go to file and open the new workflow.

3. Put “ fasta ” in the box search. Choose “ Get Nucleotide FASTA ” and click “ add to the model ”.

4. You can see “ Get Nucleotide FASTA ” in the diagram pane. And you can create the name of new input.

5. The data of input show in diagram pane.

6. Put “ regular ” in the box search. Choose “ Split string into string list by regular expression” and click “ add to the model”.

7. The data of “Split string into string list by regular expression” show in diagram pane.

8. Make connection between workflow inputs and Split string into string list by regular expression. Choose “ Workflow Input Accession_Number ”, select Split string into string list by regular expression and click in the following picture below.

9. The connection show in diagram plane.

10. Make connection between Split string into string list by regular expression and Get Nucleotide FASTA. Choose “ Connect output split ”, select “ Get Nucleotide FASTA ” and click choose an input.

11. The connection show in diagram plane.

12.In the “ repex ”, you can set default value. Input "GU" in the box.

13. You can create new output. And add the name of output data.

14. The data of workflow outputs show in diagram pane.

15. Make connection between Workflow output and Get nucleotide FASTA. Choose “ Output in Get nucleotide FASTA ”, select workflow output and click at fasta sequences.