Science 1994 Nov 18;266(5188):1229-1232
DNA was extracted from 80-million-year-old bone fragments found in strata of the Upper Cretaceous Blackhawk Formation in the roof of an underground coal mine in eastern Utah.
This DNA was used as the template in a polymerase chain reaction that amplified and sequenced a portion of the gene encoding mitochondrial cytochrome b.
These sequences differ from all other cytochrome b sequences investigated, including those in the GenBank and European Molecular Biology Laboratory databases.
DNA isolated from these bone fragments and the resulting gene sequences demonstrate that small fragments of DNA may survive in bone for millions of years.
The authors conclude that the DNA sequence,
cccttctattattcattctcattctattcgttattcttgtactccacacatccaaacaacaaag
cataatattccacccattgagtccattcctatcctgattcttagtccccgaaccttttacactcacatg
,appears to be from a dinosaur that lived 80 million years ago.
Show us step by step of how to do phylogenetic analysis with cytochrome b sequences. Then, what is your conclusion about the structure of the tree and the position of the dinosaur sequence that might come close to these following species?
Use these following species
o Human
o Dog
o Rabbit
o rhinoceros
o dugong
o mouse
o whale
o bovine
o sicklebill
o chicken
o magpie
o frog
Hint: You need to create a phylogentic tree. But first you need to get the cytochrome b nucleotide sequences for the different species from NCBI.
ขั้นตอนการทำ
1. เข้าไปยังเว็บไชต์ style="font-family:times new roman;">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ดังรูป
2. เลือก nucleotide และใส่ keyword ที่ต้องการลงไป
span >3.สำหรับการค้นหาและการเลือก sequences
3.1ใส่คำค้นชื่อสิ่งมีชีวิตและsequence ที่ต้องการ (เอาเฉพาะ Ref. sequ. ที่เป็น complete genome จาก mitochondrion) เช่นเราต้องการค้นหา sequence ของ Human จะได้ว่า "Homo sapiens and cytochrome b and reference sequence"เป็นต้น
3.2สำหรับสิ่งมีชีวิตที่ไม่สามารถหา mitochondrion complete genome โดยเฉพาะ cytochrome b ก็จะเลือกใช้ข้อมูลที่สมบรูณ์ที่สุด โดยตัดคำว่า reference sequence ออกจากการหา
3.3 เมื่อหา sequence ของสิ่งมีชีวิตที่ต้องการได้แล้วให้ทำการ download sequence ในรูป fasta ทำการ save ไว้ในคอมพิวเตอร์ ซึ่งแสดงให้เห็นดังรูป
4.เข้าไปที่ http://www.google.co.th/
5. พิมพ์ bioedit free download
6. เลือก bioedit free download
7. ทำการ download program bioedit และ save program ไว้ในเครื่องคอมพิวเตอร์
8. ทำการเปิดไฟล์ที่ทำการ save ไว้และทำการติดตั้ง program bioedit(set up)
9. ทำการเปิด program bioedit แสดงหน้าจอแรกดังรูป
10. จากนั้นเลือก import ไฟล์ของสิ่งมีชีวิตที่ต้องการ(ที่ได้จากข้อ 3.3) ดังรูป
11. จะได้ sequence ดังรูป
12.จากนั้นให้เลือกไปที่คำสั่งในเมนู Accessory Application--> ClustalW Multiple alignment
---> Run ClustalW
13. save text ---->Accessory Application แล้วเข้าไปที่
DNAmk DNA Maximum likelihood program with molecular clock
15.เปิดโปรแกรม Tree view แล้วเปิด file ที่save ไว้ก่อนหน้านั้น
16.โปรแกรมจะเริ่มทำงานและรายงานผลออกมาในรูปแบบ graphic ของ phylogenetic tree
